甲单位为一家中央级事业单位，执行《事业单位会计制度》并已实行国库集中支付制度。2017年7月20日，甲单位审计处对该单位2017年上半年政府采购、会计核算、内部控制等工作进行了检查，并组织召开了由财务处、资产管理处机关人员参加的工作会议，就检查中关键的如下事项进行沟通：
（1）1月，甲单位制定的《内部控制规范工作手册（试行）》在货币资金业务控制方面规定：财务专用章、会计档案由出纳统一保管；大额资金支付可由单位负责人直接审批；为提高工作效率，会计外出期间出纳可以凭单位负责人审批的报销凭单直接办理资金支付。
（2）3月，甲单位以接受捐赠的方式取得一批存货，捐赠书上注明的金额为40万元。甲单位据此确认存货、其他收入各40万元。
（3）3月，甲单位财政授权支付方式购买一批价值16万元的经营活动用包装物，购入当月全部领用。4月，使用该批包装物过程中发现部分有质量问题，经过协商，甲单位同意供应商支付5万元的赔偿款。4月底，甲单位收到供应商赔偿款5万元支票并将其存入单位银行存款账户，财务处据此做增加银行存款和其他收入各5万元的处理。
（4）5月初，甲单位对一台大型设备进行改扩建，以延长其使用年限。月底，改扩建工程完工并通过验收，甲单位按合同约定以财政直接支付方式一次性支付70万元。财务处的会计处理为本月增加事业支出和财政补助收入各70万元。
（5）5月，甲单位使用财政专项资金100万元购入一项专利权，法律规定的有效年限为5年，采用平均年限法摊销，款项已经通过财政直接支付方式结算。甲单位财务处5月份对该项专利权进行了确认入账处理但未计提摊销。
（6）在对甲单位的公务卡使用、核算情况进行检查的过程中，审计处发现一笔1500元的支出未用公务卡进行结算。经核实，该笔款项是甲单位科研人员在本省M村进行调研的过程中发生的支出。
（7）5月，甲单位报经批准后以公开招标方式采购一批办公用桌椅（不属于集中采购目录，但达到政府采购限额标准以上）。由于招标过程中采购人与供应商为排挤其他供应商而串通的不公正情况，遂予以废标。废标之后，甲单位直接采取替代采购方式进行采购。
（8）6月，甲单位拟购买一批专用科研设备（超出政府采购限额标准，但不属于集中采购目录范围）。相关设备国内供应商只有4家，其中本地供应商有两家，另外两家在偏远省份。为节约采购费用、提高采购效率，资产管理处直接联系本地供应商A公司采购该批设备。
（9）6月，甲单位拟购买一批专用实验设备（不属于集中采购目录范围，且未达到政府采购公开招标数额标准），经批准可以采用竞争性谈判方式采购。经调查，甲单位成立的竞争性谈判小组的组成人员李某是其中一家供应商B公司法人代表的直系亲属。
要求：
（1）根据行政事业单位内部控制的相关规定，假定不考虑其他条件，判断甲单位制定的《内部控制规范工作手册（试行）》是否存在不当之处；如存在不当之处，分别指出不当之处并说明理由。
（2）根据国有资产管理、政府采购、事业单位会计制度等相关规定，逐项判断甲单位对事项（2）至（9）的处理是否正确，如不正确，分别说明理由。